Difference between revisions of "Manuel Souris"
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Jmol / JSmol Tutorials
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<td>'''Slab''' (slab depuis l'avant)</td> | <td>'''Slab''' (slab depuis l'avant)</td> | ||
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| − | <td>''' | + | <td>'''Déplacer la tranche''' (modifier slab et depth en conservant une épaisseur constante)</td> |
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| − | <td colspan="3" align="center">''Slab peut | + | <td colspan="3" align="center">''Slab peut être testé sur [http://www2.uah.es/biomodel/pruebas/jmol/slab/inicio.htm cette page]''</td> |
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| − | == Comment | + | == Comment sélectionner == |
| − | * Utiliser la commande | + | * Utiliser la commande appropriée pour choisir, par exemple |
'''set picking group''' | '''set picking group''' | ||
| − | : pour changer la | + | : pour changer la sélection pour un acide aminé en entier en cliquant sur un de ses atomes, |
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| − | *# double-clic sur l'atome de | + | *# double-clic sur l'atome de départ |
*# pour fixer une mesure de distance, double-clic sur le second atome | *# pour fixer une mesure de distance, double-clic sur le second atome | ||
* Angle (3 atomes): | * Angle (3 atomes): | ||
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*# clic sur le second atome (atome central de l'angle) | *# clic sur le second atome (atome central de l'angle) | ||
| − | *# pour fixer une mesure d'angle, double-clic sur le | + | *# pour fixer une mesure d'angle, double-clic sur le troisième atome |
| − | * Angle de torsion ou | + | * Angle de torsion ou dihèdre (4 atomes) |
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*# clic sur le second atome | *# clic sur le second atome | ||
| − | *# clic sur le | + | *# clic sur le troisième atome |
| − | *# pour fixer une mesure d'angle | + | *# pour fixer une mesure d'angle dihédral, double-clic sur le quatrième atome |
* Dans tous les cas: | * Dans tous les cas: | ||
| − | ** | + | ** déplacer le pointeur sur l'atome de destination pour voir les résultats de la mesure sans laisser de mesure permanente |
| − | ** se | + | ** se déplacer en dehors de la fenêtre pour annuler la mesure |
| − | ** faire la | + | ** faire la même mesure pour l'effacer |
Latest revision as of 22:49, 25 March 2019
- A list of Jmol / JSmol Tutorials written by users.
- Using the mouse (English · Español · Français · Japanese).
- Scripting quickstart: rendering options · selecting atoms.
- How to create surfaces and isosurfaces, including cavities, pockets and tunnels.
- Displaying shapes, polyhedra, orbitals, dipoles, distances, forces and vibrations.
- Creating movies.
- Customizing Jmol: macros · menus.
- Web pages without writing code by using the Jmol "Export to Web" function.
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Manuel pour manipuler les molécules en utilisant la souris dans Jmol (appelé aussi 'mouvements de la souris')
Notes:
- Dans la configuration habituelle, le "bouton principal" est le bouton gauche, et le "bouton secondaire" est le bouton droit.
- Selon des compte-rendu, sur les souris à un seul bouton, Alt + traîner peut être équivalent à traîner avec le bouton du milieu.
| bouton principal | bouton du milieu | bouton secondaire | |
| (gauche) | (milieu) | (droite) | |
| Ouvrir le menu Jmol | Ctrl + clic ou clic sur le logo 'Jmol' |
clic | |
| Rotation autour de X,Y | traîner | ||
| Se déplacer selon X,Y (= translation) | Shift + double-clic et traîner | double-clic et traîner | Ctrl + traîner |
| marche aussi bien en cliquant sur la molécule qu'en dehors | |||
| Réinitialisaer et centrer | Shift + double-clic* | double-clic* | |
| *marche seulement si le double-clic est fait en dehors de la molécule | |||
| Rotation autour de Z | Shift + traîner horizontalement | traîner horizontalement | Shift + traîner horizontalement (ne marche peut-être pas sur Mac) |
| Zoom avant / arrière | Shift + traîner verticalement | traîner verticalement | |
| ou utiliser la molette de la souris | |||
| Implementé seulement à partir de Jmol 10.00.22: Ne fonctionne qu'après qu'une commande slab on ait été effectuée |
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| Slab (slab depuis l'avant) | Ctrl+Shift + traîner (verticalement) * | ||
| Depth (slab depuis l'arrière) | Ctrl+Shift + double-clic et traîner (verticalement) * | ||
| Déplacer la tranche (modifier slab et depth en conservant une épaisseur constante) | Alt+Ctrl+Shift + traîner (verticalement) * | ||
| *si çà ne marche pas sur Mac, essayer d'appuyer sur le bouton de la souris en premier, puis les touches Ctrl+Shift, et enfin traîner | |||
| Slab peut être testé sur cette page | |||
Comment sélectionner
- Utiliser la commande appropriée pour choisir, par exemple
set picking group
- pour changer la sélection pour un acide aminé en entier en cliquant sur un de ses atomes,
- Cliquer sur un atome inverse son état de sélection.
- Surtout utilise quand
set display selected
- est positionné pour surveiller l'état de la sélection.
Comment effectuer des mesures
- Distance (2 atomes):
- double-clic sur l'atome de départ
- pour fixer une mesure de distance, double-clic sur le second atome
- Angle (3 atomes):
- double-clic sur l'atome de départ
- clic sur le second atome (atome central de l'angle)
- pour fixer une mesure d'angle, double-clic sur le troisième atome
- Angle de torsion ou dihèdre (4 atomes)
- double-clic sur l'atome de départ
- clic sur le second atome
- clic sur le troisième atome
- pour fixer une mesure d'angle dihédral, double-clic sur le quatrième atome
- Dans tous les cas:
- déplacer le pointeur sur l'atome de destination pour voir les résultats de la mesure sans laisser de mesure permanente
- se déplacer en dehors de la fenêtre pour annuler la mesure
- faire la même mesure pour l'effacer
