Difference between revisions of "User:Bduke"

From Jmol
Jump to navigation Jump to search
(inline)
(Not working but set up differently)
Line 2: Line 2:
  
 
==Tests of Jmol incorporated into a MediaWiki wiki==  
 
==Tests of Jmol incorporated into a MediaWiki wiki==  
 +
 +
===Staggered and eclipsed ethane===
 +
 +
These are pdb files generated by Sybyl for staggered and eclipsed ethane. Use the buttons and the menu that comes up by right mouse clicking on the image to manipulate the images. The left mouse can be used to move the image.
 +
 +
These used to work but no longer do so.
 +
 +
<center>
 +
<table><tr><td>
 +
<center>
 +
<jmol>
 +
<jmolApplet>
 +
<script>set spin X 10; spin on</script>
 +
<name>ethane-s</name>
 +
<color>palegreen</color>
 +
<size>250</size>
 +
<inlineContents>
 +
HEADER    PROTEIN                                19-OCT-95
 +
COMPND    ETHANE
 +
AUTHOR    GENERATED BY SYBYL, A PRODUCT OF TRIPOS ASSOCIATES, INC.
 +
HETATM    1  C2  C      1      0.756  -0.045  -0.137  1.00  0.00
 +
HETATM    2  C1  C      1      -0.757  0.044  0.138  1.00  0.00
 +
HETATM    3  H3  C      1      -1.291  -0.656  -0.521  1.00  0.00
 +
HETATM    4  H4  C      1      -1.105  1.069  -0.057  1.00  0.00
 +
HETATM    5  H5  C      1      -0.953  -0.217  1.187  1.00  0.00
 +
HETATM    6  H6  C      1      1.105  -1.069  0.059  1.00  0.00
 +
HETATM    7  H7  C      1      1.290  0.657  0.521  1.00  0.00
 +
HETATM    8  H8  C      1      0.953  0.215  -1.188  1.00  0.00
 +
CONECT    1    2    6    7    8
 +
CONECT    2    1    3    4    5
 +
CONECT    3    2
 +
CONECT    4    2
 +
CONECT    5    2
 +
CONECT    6    1
 +
CONECT    7    1
 +
CONECT    8    1
 +
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0    8    0    8    0
 +
END
 +
</inlineContents>
 +
</jmolApplet>
 +
<jmolButton><script>spin on</script><name>ethane-s</name><text>Start spinning</text></jmolButton>
 +
<jmolButton><script>spin off</script><name>ethane-s</name><text>Stop spinning</text></jmolButton>
 +
</jmol></center>
 +
</td><td>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</td><td><center>
 +
<jmol>
 +
<jmolApplet>
 +
<script>set spin X 10; spin on</script>
 +
<name>ethane-e</name>
 +
<color>skyblue</color><size>250</size>
 +
<inlineContents>
 +
HEADER    PROTEIN                                19-OCT-95
 +
COMPND    ETHANE
 +
AUTHOR    GENERATED BY SYBYL, A PRODUCT OF TRIPOS ASSOCIATES, INC.
 +
HETATM    1  C2  C      1      0.756  -0.045  -0.137  1.00  0.00
 +
HETATM    2  C1  C      1      -0.757  0.044  0.138  1.00  0.00
 +
HETATM    3  H3  C      1      -1.280  0.345  -0.782  1.00  0.00
 +
HETATM    4  H4  C      1      -0.943  0.788  0.926  1.00  0.00
 +
HETATM    5  H5  C      1      -1.127  -0.938  0.465  1.00  0.00
 +
HETATM    6  H6  C      1      1.105  -1.069  0.059  1.00  0.00
 +
HETATM    7  H7  C      1      1.290  0.657  0.521  1.00  0.00
 +
HETATM    8  H8  C      1      0.953  0.215  -1.188  1.00  0.00
 +
CONECT    1    2    6    7    8
 +
CONECT    2    1    3    4    5
 +
CONECT    3    2
 +
CONECT    4    2
 +
CONECT    5    2
 +
CONECT    6    1
 +
CONECT    7    1
 +
CONECT    8    1
 +
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0    8    0    8    0
 +
END
 +
</inlineContents></jmolApplet>
 +
<jmolButton><script>spin on</script><name>ethane-e</name><text>Start spinning</text></jmolButton>
 +
<jmolButton><script>spin off</script><name>ethane-e</name><text>Stop spinning</text></jmolButton>
 +
</jmol></center>
 +
</td></tr></table>
 +
</center>
 +
 +
<!--
 +
None of these work, so commented out for now.
  
 
===wikiPageContent Test from this server===
 
===wikiPageContent Test from this server===
 +
 +
This seems to be not supported on this wiki.
  
 
<center>
 
<center>
Line 10: Line 92:
 
<wikiPageContents>User:Bduke/ethane-s.pdb</wikiPageContents>
 
<wikiPageContents>User:Bduke/ethane-s.pdb</wikiPageContents>
 
</jmolApplet></jmol></center>
 
</jmolApplet></jmol></center>
−
 
+
-->
−
<!--
 
 
===urlContent Test from a different server - does not work===
 
===urlContent Test from a different server - does not work===
  
 
<center>
 
<center>
−
<jmol><jmolApplet>
+
<jmol>
−
<name>1CRN</name><color>blue</color><size>250</size>
+
<jmolApplet>
−
<urlContents>http://orion.vcp.monash.edu.au/pictures/1CRN.pdb</urlContents>
+
<name>1CRN</name>
 +
<color>blue</color>
 +
<size>250</size>
 +
<urlContents>http://magog.vcp.monash.edu.au/pictures/1CRN.pdb</urlContents>
 
</jmolApplet></jmol></center>
 
</jmolApplet></jmol></center>
  
 +
<!--
 
===Alchemy file - does not work===
 
===Alchemy file - does not work===
  
 
<center>
 
<center>
 
<jmol><jmolApplet>
 
<jmol><jmolApplet>
−
<name>asprin</name><color>green</color><size>250</size><onlineContents>
+
<name>asprin</name><color>green</color><size>250</size><inlineContents>
 
   21 ATOMS,    21 BONDS,    0 CHARGES, ASPIRIN
 
   21 ATOMS,    21 BONDS,    0 CHARGES, ASPIRIN
 
     1 CAR    -2.1016  -1.1628  -0.4897    -0.0592
 
     1 CAR    -2.1016  -1.1628  -0.4897    -0.0592
Line 68: Line 153:
 
   20    13    20  SINGLE
 
   20    13    20  SINGLE
 
   21    13    21  SINGLE
 
   21    13    21  SINGLE
−
</onlineContents></jmolApplet></jmol></center>
+
</inlineContents></jmolApplet></jmol></center>
 +
 
 
-->
 
-->
−
===Staggered and eclipsed ethane===
 
−
 
−
These are pdb files generated by Sybyl for staggered and eclipsed ethane. Use the buttons and the menu that comes up by right mouse clicking on the image to manipulate the images. The left mouse can be used to move the image.
 
−
 
−
<center>
 
−
<table><tr><td>
 
−
<center><jmol><jmolApplet><script>set spin X 10; spin on</script>
 
−
<name>ethane-s</name><color>palegreen</color><size>250</size><inlineContents>
 
−
HEADER    PROTEIN                                19-OCT-95
 
−
COMPND    ETHANE
 
−
AUTHOR    GENERATED BY SYBYL, A PRODUCT OF TRIPOS ASSOCIATES, INC.
 
−
HETATM    1  C2  C      1      0.756  -0.045  -0.137  1.00  0.00
 
−
HETATM    2  C1  C      1      -0.757  0.044  0.138  1.00  0.00
 
−
HETATM    3  H3  C      1      -1.291  -0.656  -0.521  1.00  0.00
 
−
HETATM    4  H4  C      1      -1.105  1.069  -0.057  1.00  0.00
 
−
HETATM    5  H5  C      1      -0.953  -0.217  1.187  1.00  0.00
 
−
HETATM    6  H6  C      1      1.105  -1.069  0.059  1.00  0.00
 
−
HETATM    7  H7  C      1      1.290  0.657  0.521  1.00  0.00
 
−
HETATM    8  H8  C      1      0.953  0.215  -1.188  1.00  0.00
 
−
CONECT    1    2    6    7    8
 
−
CONECT    2    1    3    4    5
 
−
CONECT    3    2
 
−
CONECT    4    2
 
−
CONECT    5    2
 
−
CONECT    6    1
 
−
CONECT    7    1
 
−
CONECT    8    1
 
−
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0    8    0    8    0
 
−
END
 
−
</inlineContents></jmolApplet>
 
−
<jmolButton><script>spin on</script><name>ethane-s</name><text>Start spinning</text></jmolButton>
 
−
<jmolButton><script>spin off</script><name>ethane-s</name><text>Stop spinning</text></jmolButton>
 
−
</jmol></center>
 
−
</td><td>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</td><td><center>
 
−
<jmol><jmolApplet><script>set spin X 10; spin on</script>
 
−
<name>ethane-e</name><color>skyblue</color><size>250</size><inlineContents>
 
−
HEADER    PROTEIN                                19-OCT-95
 
−
COMPND    ETHANE
 
−
AUTHOR    GENERATED BY SYBYL, A PRODUCT OF TRIPOS ASSOCIATES, INC.
 
−
HETATM    1  C2  C      1      0.756  -0.045  -0.137  1.00  0.00
 
−
HETATM    2  C1  C      1      -0.757  0.044  0.138  1.00  0.00
 
−
HETATM    3  H3  C      1      -1.280  0.345  -0.782  1.00  0.00
 
−
HETATM    4  H4  C      1      -0.943  0.788  0.926  1.00  0.00
 
−
HETATM    5  H5  C      1      -1.127  -0.938  0.465  1.00  0.00
 
−
HETATM    6  H6  C      1      1.105  -1.069  0.059  1.00  0.00
 
−
HETATM    7  H7  C      1      1.290  0.657  0.521  1.00  0.00
 
−
HETATM    8  H8  C      1      0.953  0.215  -1.188  1.00  0.00
 
−
CONECT    1    2    6    7    8
 
−
CONECT    2    1    3    4    5
 
−
CONECT    3    2
 
−
CONECT    4    2
 
−
CONECT    5    2
 
−
CONECT    6    1
 
−
CONECT    7    1
 
−
CONECT    8    1
 
−
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0    8    0    8    0
 
−
END
 
−
</inlineContents></jmolApplet>
 
−
<jmolButton><script>spin on</script><name>ethane-e</name><text>Start spinning</text></jmolButton>
 
−
<jmolButton><script>spin off</script><name>ethane-e</name><text>Stop spinning</text></jmolButton>
 
−
</jmol></center>
 
−
</td></tr></table>
 
−
</center>
 

Revision as of 08:00, 10 December 2007

Interested in Jmol in general and in particular right now about adding Jmol images to Wikis, particularly Wikipedia.

Tests of Jmol incorporated into a MediaWiki wiki

Staggered and eclipsed ethane

These are pdb files generated by Sybyl for staggered and eclipsed ethane. Use the buttons and the menu that comes up by right mouse clicking on the image to manipulate the images. The left mouse can be used to move the image.

These used to work but no longer do so.

        

urlContent Test from a different server - does not work


Contributors

Bduke, AngelHerraez, NicolasVervelle

Retrieved from "https://wiki.jmol.org/index.php?title=User:Bduke&oldid=5121"