Difference between revisions of "Jmol Applet/ja"

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''注意: ページのタイトルはそのままにしてありますが、JmolにJavaアップレットの機能はもう実装されなくなっています''
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{{Lang:Jmol Applet}}
 
{{Lang:Jmol Applet}}
  
 
{{Running_Jmol_Sections/ja}}
 
{{Running_Jmol_Sections/ja}}
  
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== Jmolアップレット ==
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== Jmol HTML5オブジェクト（JSmol） ==
−
[[wikipedia:Java_applet|Javaアップレット]]版のJmolを使うと、ウェブページにJmolを埋め込むことができます（Javaプラグインがインストールされたブラウザで見ることができます）。スタンドアロン版と同様に、[[Scripting|スクリプト]]を使うことができます。例をいくつかデモページ http://www.jmol.org/demo/ に挙げてあるので参照して下さい。ウェブブラウザでHTMLソースを見るには、Firefoxの場合 {{MenuItem|表示}} → {{MenuItem|ページのソース}} をクリックして下さい。
+
これを使って、Jmolをウェブページに埋め込むことができます。アプリケーションのときと同様に、[[スクリプト]]言語を使ってモデルにコマンドを適用することができます。いくつかのデモページを {{Website}}demo/ で参照することができます。HTMLソースを見るには、ウェブブラウザで {{MenuItem|ページのソース}} を開いてください（Firefoxの場合、{{MenuItem|ツール}} → {{MenuItem|ブラウザツール}} → {{MenuItem|ページのソース}}）。
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バージョン13.1から、JSmolと呼んでいる非Java版Jmolを使ってJmolをウェブページに埋め込むことができるようになりました。
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これによりJavaScriptだけを用いるHTML5オブジェクトが使ってJmolアップレットと同等の機能が実現できます。
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詳しくは[[Jmol JavaScript Object/ja|Jmol JavaScriptオブジェクト]]（[[Jmol JavaScript Object|英語版]]）を参照して下さい。
  
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== Jmolアップレットのインストール ==
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== Jmolオブジェクトのインストール ==
 
{{Installing_Jmol_Sections/ja}}
 
{{Installing_Jmol_Sections/ja}}
−
Jmolパッケージ（圧縮形式は <code>.zip</code> 、<code>tar.gz</code> どちらでも構いません）をダウンロードし、'''必要なファイルだけを'''あなたが選んだフォルダに解凍して下さい。
+
Jmolによる分子画像をウェブページに組み込みたいだけであれば、テストページ作りから始めるよりも簡単な方法があります。
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[[#Tools for Authoring Jmol Web Pages|Jmolウェブページを作るためのツール]]を参照して下さい。
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Jmolを埋め込んだウェブページを作成する方法を知りたいのであれば、右記「Jmolをインストールする」を参照して下さい。
  
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どれが必要なファイルなのでしょう？ 基本的な使い方をするのに必要なファイルは以下の通りです。
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Jmolパッケージ（<code>.zip</code>版、<code>tar.gz</code>版どちらでも構いません）をダウンロードし、解凍・展開して、'''必要なファイルだけ'''を使って下さい。
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* {{File|Jmol.js}}、このファイルにはウェブページを通してJmolとやりとりを行う助けになるコマンドを生成する一連のスクリプトが含まれています。機能の概要については[http://jmol.sourceforge.net/jslibrary/ オンラインドキュメント]を見るか、あるいは Jmol.js ファイルのソースを見てより最新の情報を得ることができます。
 
−
* ファイル名が {{File|JmolApplet0}} で始まり、{{File|.jar}} で終わる全てのファイル。
 
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ウェブページを配布するのであれば、著作権等に関するファイル（{{File|COPYRIGHT.txt}}、{{File|LICENSE.txt}}、{{File|README.txt}}）も含めておくのがいいでしょう。
 
  
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ローカルのウェブページでJmolアップレットを使う（例：ハードディスクやCDで利用する）にはいくつか注意事項があります。それについては[[Jmol Applet Deployment Local]]を参照して下さい。
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どのファイルが必要なのかについては、以下をご覧下さい。
  
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その他特別必要なものについては、別のファイルを使う必要があります。署名済みアップレットについては以下の節を読んで下さい。
+
ローカル環境（ハードディスクやCD）のウェブページでJmolオブジェクトを使う場合、あらかじめ注意しておくべき点がいくつかあります。[[Jmol Applet Deployment Local/ja|Jmolアップレットをローカルで開発する]]（[[Jmol Applet Deployment Local|英語版]]）を参照して下さい。
  
−
アップレットがロードされない場合は[[Solving Java Problems|Java問題の解決]]も参照して下さい。
+
場合によっては別のファイルを使う必要があります。以下に記している署名付きアプレットについてをお読み下さい。
  
−
=== Jmolアップレットにより多くのメモリを割り当てる ===
+
ウェブページを配布する場合、以下に記す著作権、許諾条件、諸情報を記したファイルを含めておく必要があります。
−
Jmolが利用できるメモリ量はJavaによって決められています。現在のメモリ割り当てはアップレットのポップアップメニューの一番下にある「About Jmol」をポイントすることで確認できます。
+
* {{File|COPYRIGHT.txt}}
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* {{File|LICENSE.txt}}
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* {{File|README.txt}}
  
−
以下のパラメータを使って割り当てメモリ量を変更できます:
+
=== ウェブページにJmolオブジェクトを埋め込む ===
−
-Xmx###M
 
−
<nowiki>###</nowiki> には割り当てメモリ量をMB単位で指定します（そのため最後には "M" の文字をつけます）。但し割り当て可能なメモリ量はウェブクライアントマシンに装着されたRAMの量によって制限されます。例えば、512MBのRAMを搭載したシステムでは最大256MBまでしかJavaに割り当てることができません。
 
  
−
例:
+
JavaScriptを使った方法により、簡単にJmolオブジェクトをウェブページに埋め込み、管理することができます。
−
* -Xmx512M  最大512MBまでメモリの使用を許可
 
−
* -Xmx1024M    最大1024MBまでメモリの使用を許可
 
  
−
このパラメータの設定場所は以下の通りです:
+
==== Jmol JavaScript オブジェクト（Jmol-JSO) ====
 +
'''Jmol-JSO'''（Jmolバージョン13で新たに導入されました）を使うと、きれいで効率的な方法でJavaScriptからJmolアップレットを操作することができます。
 +
更にJavaやアップレットの利用に制約があるiPad、iPhone、Androidモバイル端末などでも利用できるほか、Jmol Javaアップレットが使えない環境であっても[http://rcsb.org RCSB PDBデータベース]、[http://cactus.nci.nih.gov/ アメリカ国立がん研究所のCACTVSサーバ]、[http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ PubChem]などの公開データベースへ簡単にアクセスできます。
  
−
:'''Windowsの場合''':
+
これにはJavaに代わる基本的で高機能なスクリプト機能が備わっています。更に、'''Jmol-JSO'''を使うことにより[http://jspecview.sourceforge.net JSpecViewアップレット]や[https://peter-ertl.com/jsme/ JSME分子エディタ]による2次元-3次元モデル構築・相互変換と同期する機能も付加することができます。
  
−
::コントロールパネル > Javaアイコン（[[Solving_Java_Problems#Java_Control_Panel|Javaコントロールパネル]]を開く）>「Java」タブ > 「アプレット ランタイム設定」>「ボタンの表示」>「JRE」行（最新バージョンでは複数行あります）の「パラメータ」テキストボックスをクリックし、「-Xmx###M」と入力
+
詳しくは[Jmol JavaScript Object/ja|Jmol JavaScriptオブジェクト]（[Jmol JavaScript Object|英語版]）を参照して下さい。
  
−
:'''Macintoshの場合''':
+
===  JSmolオブジェクトをある特定の言語で表示させる ===
 +
JSmolオブジェクトではユーザインタフェース（ポップアップメニュー）に利用できる言語を複数備えています（技術的にはこのことを現地語化 localization と呼んでいます）。
 +
初期状態では、OSで使用されている言語（[http://java.sun.com/j2se/corejava/intl/reference/faqs/index.html#set-default-locale 参考]）がJSmolのインタフェースに適用されます。これを変更する方法は以下の通りです。
  
−
::/Applications/Utilities/Java/J2SE 5.0/Java Preferences を開き、「基本」タブの画面中央「Javaアプレット実行時のパラメータ」欄に「-Xmx###M」と入力する。
+
# JSmolの言語は、ポップアップメニューの下の方にある「言語」から、いつでも切り替えることができます。
−
::または [[Solving_Java_Problems#Java_Control_Panel|Javaコントロールパネル]] を見て下さい。
+
# 表示言語はスクリプト言語を使って変更することもできます。例：<code> language = "de" </code>（「language」というキーワードと言語を示す2文字コードで指定します。言語コードはca, cs, de, en, es, et, fr, ja, nl, pt, trなどが利用できます）。言語コードは en_GB, en_US, pt_BR, zh_CN, zh_TW のように2文字+2文字で表記される場合もあります。
 +
# Webページが読み込まれJSmolオブジェクトが作成されたときにだけ言語を設定するには、<code>Info</code>変数の[[Jmol_JavaScript_Object/Info#Customization_or_extras|language]]パラメータを使用します。
  
−
これはローカルの設定なので、設定したコンピュータでしか有効になりません。あなたのウェブページを訪問した人が同じJavaメモリ設定を行っているとは限らないので、この設定変更の利用には注意して下さい。
+
=== 異なるJSmolのバージョンを試す ===
 +
''（これは上級者向け機能です）''
  
−
技術的詳細事項:
+
標準の推奨している方法でコードを書いたページでは、ウェブページ（自身が管理しているページでなくても構いません）に埋め込まれたJSmolオブジェクトを強制的にある特定のバージョンで動作させることができます。
−
* -Xmx はJavaVMに利用を許可する最大メモリ量（maximum memory heap size）を設定します。
+
その方法は以下の通りです。
−
* -Xms はJavaVMに利用を許可する最小メモリ量（minimum memory heap size）を設定します。
 
  
−
[[Jmol_Application#Giving_Jmol_more_memory_to_work_with|アプリケーションの実行]]もご覧下さい。
+
URLの末尾に以下の文字列を追記します。
  
−
===  Jmolアップレットを強制的にある特定の言語で開く ===
+
''（検討中 - 検証が必要）''
−
Jmolアップレットのユーザインタフェース（ポップアップメニュー）では[[Internationalisation/Current_Status|いくつかの言語]]が利用できます（技術的には局地化 localization と言います）。
+
<!-- 以下のコードが動作するかの検証が必要
−
Jmolアップレットは、デフォルトではあなたが使っているOSのユーザインタフェースで使われている言語で開かれます（[http://java.sun.com/j2se/corejava/intl/reference/faqs/index.html#set-default-locale ref.]）。しかしもしそれを変更するのであれば、以下の方法を用いて下さい。
+
利用しようとしている{{folder|j2s}}フォルダのURLの後に <code>?_USE=HTML5&J2S=</code> をつける。
 +
URL中に <code>?</code> が既にあるなら、その部分は <code>&</code> に置き換えて、URLの書式にしたがうようにする。
 +
-->
  
−
# Jmol 11.1.30 より、アップレットの言語はポップアップメニューの「Language」からいつでも変更できるようになりました。
+
== WikiへのJmol埋め込み ==
−
# 以下のスクリプト言語で言語を指定することもできます。<code> language = "de" </code>（"language" キーワードに２文字の言語コードを指定します。現在利用できる言語コードはca, cs, de, en, es, et, fr, nl, pt, trです。）
 
−
# ''これは11.1.30より古いバージョンでのみ必要となる古い方法です。'' 表示言語をある特定の言語にしたいなら以下の操作等を行います。
 
−
<blockquote>
 
−
  <blockquote>
 
−
'''Windowsの場合''':
 
−
Windowsのコントロールパネル > Javaアイコン（Javaコントロールパネルが開く） > 「Java」タブ > アプレットランタイム設定 > ボタン表示 >
 
−
「JRE」グループにある「パラメータ」の下にあるテキストボックスをクリックし、以下の内容を入力します。
 
−
<pre>
 
−
  java -Duser.language=es    # forces Spanish (Español)
 
−
  java -Duser.language=de    # forces German (Deutsch)
 
−
  java -Duser.language=en    # forces English
 
−
  etc.
 
−
</pre>
 
−
  </blockquote>
 
−
  <blockquote>
 
−
'''Macintoshの場合''':
 
−
「/Applications/Utilities/Java/J2SE 5.0/Java Preferences」にあるJavaコントロールパネルを開き、上記Windowsの場合と同様のパラメータを入力して下さい。
 
−
  </blockquote>
 
−
</blockquote>
 
  
−
[[Jmol_Application#Forcing_Jmol_to_open_in_a_certain_language|アプリケーションの実行方法]]もご覧下さい。
+
Jmolアップレットは[[wikipedia:HTML|HTML]]（またはXHTML）で埋め込むことができます（事例が[[Websites Using Jmol/ja|Jmolを使ったウェブサイト]]（[[Websites Using Jmol|英語版]]）に列挙されています）。但し、これをwikiページに埋め込むには追加で必要となる技術的なことがいくつかあります。詳しくは[[Jmol Processor/ja|Jmolの処理について]]（[[Jmol Processor|英語版]]）をご覧下さい。
  
−
== WikiでのJmol ==
+
== Jmolウェブページを作成するためのツール ==
 +
===Jmol.php: Jmolを簡単にウェブページへ===
 +
単に<code><script></code>タグや<code><a></code>タグを記すだけでJSmolオブジェクトををウェブページに埋め込むことができます。
 +
Jmolファイルをコンピュータやウェブサーバにインストールする必要はありません。
 +
分子の立体構造ファイルさえ必要ありません。必要なファイルは自動的に適当なウェブサーバからダウンロードされます。
  
−
アップレットは [[wikipedia:HTML|HTML]]（またはXHTML）ページに埋め込むことができます（例を [[Websites Using Jmol]] に挙げてある他、[[Jmol Processor]] にもいくつかの追加技術が必要な事例が挙げてあります。）
+
この方法を使えば、ソースコード全体を管理することなくどんな環境でも使えるJmolページを簡単に作成することができます。フォーラム、ブログ、wiki、コンテンツ管理システム、e-learning環境などは必要ありません。実は、URLを電子メールで送り、受け取った人はメールに記載されたリンクをクリックするだけでJmolオブジェクトをみることができるのです。
  
−
== 未署名と署名済み、データアクセス ==
+
詳しくは[[Jmol_PHP/ja|Jmol PHP]]（[[Jmol_PHP|英語版]]）をご覧下さい。
  
−
'''署名された'''アップレットの場合、任意のhttpまたはftpのURLから分子モデルを読み込むことができます。但し、ユーザは署名されたアップレットを信頼するよう尋ねられます。これは問題となる可能性があります。なぜなら製造元（jmol.org）は「検証できず」、セキュリティ証明書は「信頼されていない」（jmol.org）グループのものであると表示されてしまうからです。これはバージョンアップの度に信頼された（商業的な）認証局でアップレットを署名してもらうのは費用がかかり、面倒だからです。
+
===プロテオペディアの表示設定編集ツール===
 +
[http://proteopedia.org プロテオペディア]でページを作成するのが、Jmolによる分子画像をカスタマイズしてウェブページに埋め込み、シェアする最も簡単な方法です。
  
−
'''署名されていない'''アップレットは閲覧するユーザに対してそれを信用するかどうかを問い合わせることなく分子を表示します。しかし、セキュリティ上の理由からアップレット自身をダウンロードしたのと同じhttpドメイン（サーバ）からしか分子モデルを読み込むことはできません。[http://firstglance.jmol.org/ FirstGlance in Jmol] はデフォルトでは署名されていないアップレットを使います。そのため、簡単に両方が動くのを見ることができます。任意のサーバからデータファイルにアクセスする方法について詳しくは[http://bioinformatics.org/firstglance/fgij/datameth.htm PDBデータファイルのアクセス方法]に記されています。
+
プロテオペディアの''分子表示設定編集ツール''を使えば、Jmolコマンド、HTML、JavaScriptについて学ぶことから解放されます。
  
−
もしあなたがいずれのサーバ上でもアップレットを''動かしていない''、つまりウェブページをローカルディスク上に置いて利用しているのであれば、更にセキュリティ上の制約がJavaによって課せられます。分子モデルはアップレットがあるのと同じかその配下のフォルダ（ディレクトリ）にあるものしか利用できません。この件に関して、[[Jmol Applet Deployment Local|Jmolアップレットをローカルに置く]]も参照して下さい。
+
wikiテキストの文法を少し学ぶだけで便利なボタンやヘルプを作成できるのです。
  
−
== Jmolウェブページに署名するツール ==
+
一方、もしJmolコマンドをいくらか知っているのであれば、コマンドを使って好きな画像を作ることもできます（Jmolコンソールを使って）。
−
もしhtml/xhtmlやJavascriptのコードを書きたくないか、あるいは単にJmolを組み込んだ
+
どんな表示設定でも、Jmol状態スクリプトを使って設定内容を保存することができます。
−
ウェブページを素早く作りたいなら、Jmolアプリケーションの「export to web function」を見て下さい。
+
原子座標ファイルをアップロードしたり、公開されているPDBファイルを利用したりすることもできます。
−
これによって、多くの動作を伴うJmolページや、ボタンをクリックすることにより表示を変更できるJmolページを作るのに必要なファイル全てをエクスポートすることができます。
+
プロテオペディアでは[[Wikipedia:蛋白質構造データバンク|蛋白質構造データバンク（PDB）]]でファイルの更新が行われたりしてもスクリプトが壊れないよう、利用しているPDBファイルを自動的に保存します。
−
ウェブページ閲覧者に見せたい分子の視点をJmolに設定して下さい。
+
また他人が編集できないページを作ることもできます。
−
そして、任意のウェブエディタでエクスポート機能を使って .html ファイルに希望のテキスト、コマンドを追加して下さい。オープンソースのアプリケーションで推奨するものは以下の通りです。
 
−
* [http://www.seamonkey-project.org/ SeaMonkey] ... もっとも簡単なアプリケーションですが充分使えるものです。
 
−
* [http://www.kompozer.net/ Kompozer] ... SeaMonkeyより高機能で、よりよく機能します。
 
−
* [http://www.w3.org/Amaya/ Amaya] ... これはこの中ではもっとも高機能ですが、使い方は難しいです。
 
  
−
エクスポート機能の使い方に関する説明がJmolアプリケーションの「export to web dialog」にあります。より詳しい説明や過去のパッケージは [http://www.uwosh.edu/faculty_staff/gutow/Jmol_Web_Page_Maker/Jmol_Web_Page_Maker.shtml Jmolウェブページメーカー]に掲載されています--[[User:Gutow|Gutow]] 21:48, 25 July 2008 (CEST)
+
===Jmolの''ウェブへの出力''===
 +
html/xhtmlやJavaScriptのコードを書きたくない、あるいはいくつかある簡単なページを簡単に統合したいというのであれば、
 +
'''Jmolのウェブ出力機能'''についての説明をご覧下さい。
 +
この機能を使うと、全ての必要なファイルを出力して、ボタンをクリックするだけで表示などを変更することができるJmolアップレットページを作ることができます。
 +
ユーザに見せたい表示様式はJmol上で設定できます。
 +
後はウェブエディタの出力機能を使って、好きなテキストやコマンドを .html ファイルに追加して下さい。
 +
# [http://www.seamonkey-project.org/ SeaMonkey]はシンプルですがよく機能します
 +
# [http://www.kompozer.net/ Kompozer]はより高機能ですがかなりよく機能します
 +
# [http://www.w3.org/Amaya/ Amaya]は最も高機能ですが使いこなすのは難しくなります
  
−
== アップレットからファイルを保存する ==
+
出力機能の利用方法については、Jmolアプリケーションのウェブダイアログに出力して参照できます。
−
これは明記されていませんが、アップレットで表示している分子データをローカルディスクに保存することができます。その方法は以下の通りです。
+
詳しい説明や過去のパッケージについては[http://www.uwosh.edu/faculty_staff/gutow/Jmol_Web_Page_Maker/Jmol_Web_Page_Maker.shtml Jmolウェブページメーカー]をご覧下さい。
−
# アップレットのメニューを開く（右クリック、Ctrl＋クリック、または右下にある「Jmol」ロゴをクリックする）。
+
<!--[[User:Gutow|Gutow]] 21:48, 25 July 2008 (CEST)-->
−
# 一番上のメニュー（分子名）をクリックする。
 
−
# 現れたサブメニューの一番下にあるファイル名をクリックする。
 
−
# ブラウザの設定によりますが、指定されているアプリケーション（ヘルパーアプリケーション）でファイルが開かれるか、あるいは「ファイルを開くまたは保存する」ダイアログが表示され、「保存」を選んでローカルディスク上の保存場所を指定します。
 
  
−
:''警告'': 少なくともWindows環境において、最近のブラウザはこの操作をウインドウをポップアップする動作として検知してしまうかもしれません。その場合、ポップアップブロッカーが「ファイルを開くまたは保存する」ダイアログが出るのを邪魔してしまうでしょう。ブラウザが出すメッセージとオプション設定に注意して、ページのポップアップを許可するようにして下さい（そのようなメッセージは、ページ上部に現れる黄色いバー、ツールバー中の警告、ブラウザウインドウ最下部のステータスバーのヒントに見られるでしょう）。
+
== Jmolオブジェクトからファイルを保存する ==
 +
これは明記されていないことなのですが、実はJSmolで表示されている分子のデータはローカルディスクに保存することができるのです。但し、インラインで読み込まれた構造に限ります。その方法は以下の通りです。
  
−
:''Chimeユーザへの注意'': MDL Chimeをインストールしている場合、分子はChimeを使ってブラウザウインドウ内で開かれるでしょう。この場合、Chimeのメニュー（File > Save molecule） でファイルをローカルディスクに保存することができます。
+
# アップレットメニューを開く（右クリック、Ctrl＋クリック、または右下の「Jmol」ロゴをクリック）
 +
# 一番下の項目（Jmolについて）をクリック
 +
# 表示される下位メニューの一番上に、最初に読み込まれた構造の名前が表示されています。何か文字列が書かれていれば構造がインラインで読み込まれたことを、404で始まっていればデータが見つからなかったことを示します。もし文字列がファイル名を示している場合は、次のステップに進むことができます。複数のファイルが読み込まれていた場合、各ファイルの名前が1行に1つずつ表示されます。開きたいファイルあるいは保存したいファイルの名前をクリックして下さい。次の層のメニューオプションが開きます。
 +
# 一番下にある項目（ファイル名＋「を表示」）をクリック
 +
# ファイルが関連づけられたプログラム（ヘルパーアプリケーション）で開かれるか、あるいは「ファイルを開く/保存する」ダイアログが表示されます。後者の場合は、保存先を指定して下さい。どのような挙動をするかはブラウザの設定に依存します。
  
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現在、よりユーザにとって使いやすい方法、あるいはJmolアップレットからファイルを保存する方法が開発者によって検討されています。
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:''警告'': 少なくともWindows環境下において、最近のブラウザはこの動作をポップアップウインドウを開く動作として検知し、ポップアップがブロックされることにより「ファイルを開く/保存する」ダイアログが表示されない場合があります。表示メッセージやブラウザの設定に注意し、このページではポップアップを許可するようにして下さい（通常この類のメッセージは、ページの上端に黄色い帯、ツールバー内の警告、ブラウザ画面下端にあるステータス行内のヒントで表示されます）。
  
−
Jmolバージョン11では、分子の一部分を抽出してMOL形式で保存することができます。これは前述の方法ほど直接的な方法ではありませんが、「対話的なスクリプトに関する文書」にそのことが記載されています（ [http://jmol.org/ Jmol ホームページ]も参照して下さい。）
+
全構造を保存できるだけでなく、構造の'''一部分だけ'''を取り出してMOLフォーマットで保存することもできます。これは以前ほど直感的ではなくなっています。
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詳細は「対話的スクリプトについて」に記しています（[{{Website}} Jmolホームページ]も参照して下さい）。
  
−
分子状態（３次元画像の表示方式、配色、透過性、向きなど）を保存する機能は現在開発中ですが、一部についてはJmol 11.0で実装されています。これについてはJmolスクリプトに関する文書の[http://www.stolaf.edu/academics/chemapps/jmol/docs/?ver=11.0#save <code>save state</code>] と [http://www.stolaf.edu/academics/chemapps/jmol/docs/?ver=11.0#write <code>write state</code>]を参照して下さい。これによってChimeやRasmolと機能的に近いことができますが、Javaのセキュリティ制限のためファイルへの保存はJmolアップレットの場合には利用できません。
+
また'''分子の表示設定'''（表示様式、配色、表示範囲、配置など）も保存できます。「Jmolスクリプトについて」の[http://www.stolaf.edu/academics/chemapps/jmol/docs/?ver=11.0#save <code>save state</code>]や[http://www.stolaf.edu/academics/chemapps/jmol/docs/?ver=11.0#write <code>write state</code>]を参照下さい。

Latest revision as of 02:36, 22 July 2022

注意: ページのタイトルはそのままにしてありますが、JmolにJavaアップレットの機能はもう実装されなくなっています

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Reference: English – Other: 日本語 ·

Running Jmol

Jmol HTML5オブジェクト（JSmol）

これを使って、Jmolをウェブページに埋め込むことができます。アプリケーションのときと同様に、スクリプト言語を使ってモデルにコマンドを適用することができます。いくつかのデモページを http://jmol.sourceforge.net/demo/ で参照することができます。HTMLソースを見るには、ウェブブラウザで ページのソース を開いてください（Firefoxの場合、ツール → ブラウザツール → ページのソース）。

バージョン13.1から、JSmolと呼んでいる非Java版Jmolを使ってJmolをウェブページに埋め込むことができるようになりました。 これによりJavaScriptだけを用いるHTML5オブジェクトが使ってJmolアップレットと同等の機能が実現できます。 詳しくはJmol JavaScriptオブジェクト（英語版）を参照して下さい。

Jmolオブジェクトのインストール

Installing Jmol

Jmolによる分子画像をウェブページに組み込みたいだけであれば、テストページ作りから始めるよりも簡単な方法があります。 Jmolウェブページを作るためのツールを参照して下さい。 Jmolを埋め込んだウェブページを作成する方法を知りたいのであれば、右記「Jmolをインストールする」を参照して下さい。

Jmolパッケージ（.zip版、tar.gz版どちらでも構いません）をダウンロードし、解凍・展開して、必要なファイルだけを使って下さい。

どのファイルが必要なのかについては、以下をご覧下さい。

ローカル環境（ハードディスクやCD）のウェブページでJmolオブジェクトを使う場合、あらかじめ注意しておくべき点がいくつかあります。Jmolアップレットをローカルで開発する（英語版）を参照して下さい。

場合によっては別のファイルを使う必要があります。以下に記している署名付きアプレットについてをお読み下さい。

ウェブページを配布する場合、以下に記す著作権、許諾条件、諸情報を記したファイルを含めておく必要があります。

  • File icon.gifCOPYRIGHT.txt
  • File icon.gifLICENSE.txt
  • File icon.gifREADME.txt

ウェブページにJmolオブジェクトを埋め込む

JavaScriptを使った方法により、簡単にJmolオブジェクトをウェブページに埋め込み、管理することができます。

Jmol JavaScript オブジェクト（Jmol-JSO)

Jmol-JSO（Jmolバージョン13で新たに導入されました）を使うと、きれいで効率的な方法でJavaScriptからJmolアップレットを操作することができます。 更にJavaやアップレットの利用に制約があるiPad、iPhone、Androidモバイル端末などでも利用できるほか、Jmol Javaアップレットが使えない環境であってもRCSB PDBデータベース、アメリカ国立がん研究所のCACTVSサーバ、PubChemなどの公開データベースへ簡単にアクセスできます。

これにはJavaに代わる基本的で高機能なスクリプト機能が備わっています。更に、Jmol-JSOを使うことによりJSpecViewアップレットやJSME分子エディタによる2次元-3次元モデル構築・相互変換と同期する機能も付加することができます。

詳しくは[Jmol JavaScript Object/ja|Jmol JavaScriptオブジェクト]（[Jmol JavaScript Object|英語版]）を参照して下さい。

JSmolオブジェクトをある特定の言語で表示させる

JSmolオブジェクトではユーザインタフェース（ポップアップメニュー）に利用できる言語を複数備えています（技術的にはこのことを現地語化 localization と呼んでいます）。 初期状態では、OSで使用されている言語（参考）がJSmolのインタフェースに適用されます。これを変更する方法は以下の通りです。

  1. JSmolの言語は、ポップアップメニューの下の方にある「言語」から、いつでも切り替えることができます。
  2. 表示言語はスクリプト言語を使って変更することもできます。例： language = "de" （「language」というキーワードと言語を示す2文字コードで指定します。言語コードはca, cs, de, en, es, et, fr, ja, nl, pt, trなどが利用できます）。言語コードは en_GB, en_US, pt_BR, zh_CN, zh_TW のように2文字+2文字で表記される場合もあります。
  3. Webページが読み込まれJSmolオブジェクトが作成されたときにだけ言語を設定するには、Info変数のlanguageパラメータを使用します。

異なるJSmolのバージョンを試す

（これは上級者向け機能です）

標準の推奨している方法でコードを書いたページでは、ウェブページ（自身が管理しているページでなくても構いません）に埋め込まれたJSmolオブジェクトを強制的にある特定のバージョンで動作させることができます。 その方法は以下の通りです。

URLの末尾に以下の文字列を追記します。

（検討中 - 検証が必要）

WikiへのJmol埋め込み

JmolアップレットはHTML（またはXHTML）で埋め込むことができます（事例がJmolを使ったウェブサイト（英語版）に列挙されています）。但し、これをwikiページに埋め込むには追加で必要となる技術的なことがいくつかあります。詳しくはJmolの処理について（英語版）をご覧下さい。

Jmolウェブページを作成するためのツール

Jmol.php: Jmolを簡単にウェブページへ

単に<script>タグや<a>タグを記すだけでJSmolオブジェクトををウェブページに埋め込むことができます。 Jmolファイルをコンピュータやウェブサーバにインストールする必要はありません。 分子の立体構造ファイルさえ必要ありません。必要なファイルは自動的に適当なウェブサーバからダウンロードされます。

この方法を使えば、ソースコード全体を管理することなくどんな環境でも使えるJmolページを簡単に作成することができます。フォーラム、ブログ、wiki、コンテンツ管理システム、e-learning環境などは必要ありません。実は、URLを電子メールで送り、受け取った人はメールに記載されたリンクをクリックするだけでJmolオブジェクトをみることができるのです。

詳しくはJmol PHP（英語版）をご覧下さい。

プロテオペディアの表示設定編集ツール

プロテオペディアでページを作成するのが、Jmolによる分子画像をカスタマイズしてウェブページに埋め込み、シェアする最も簡単な方法です。

プロテオペディアの分子表示設定編集ツールを使えば、Jmolコマンド、HTML、JavaScriptについて学ぶことから解放されます。

wikiテキストの文法を少し学ぶだけで便利なボタンやヘルプを作成できるのです。

一方、もしJmolコマンドをいくらか知っているのであれば、コマンドを使って好きな画像を作ることもできます（Jmolコンソールを使って）。 どんな表示設定でも、Jmol状態スクリプトを使って設定内容を保存することができます。 原子座標ファイルをアップロードしたり、公開されているPDBファイルを利用したりすることもできます。 プロテオペディアでは蛋白質構造データバンク（PDB）でファイルの更新が行われたりしてもスクリプトが壊れないよう、利用しているPDBファイルを自動的に保存します。 また他人が編集できないページを作ることもできます。

Jmolのウェブへの出力

html/xhtmlやJavaScriptのコードを書きたくない、あるいはいくつかある簡単なページを簡単に統合したいというのであれば、 Jmolのウェブ出力機能についての説明をご覧下さい。 この機能を使うと、全ての必要なファイルを出力して、ボタンをクリックするだけで表示などを変更することができるJmolアップレットページを作ることができます。 ユーザに見せたい表示様式はJmol上で設定できます。 後はウェブエディタの出力機能を使って、好きなテキストやコマンドを .html ファイルに追加して下さい。

  1. SeaMonkeyはシンプルですがよく機能します
  2. Kompozerはより高機能ですがかなりよく機能します
  3. Amayaは最も高機能ですが使いこなすのは難しくなります

出力機能の利用方法については、Jmolアプリケーションのウェブダイアログに出力して参照できます。 詳しい説明や過去のパッケージについてはJmolウェブページメーカーをご覧下さい。

Jmolオブジェクトからファイルを保存する

これは明記されていないことなのですが、実はJSmolで表示されている分子のデータはローカルディスクに保存することができるのです。但し、インラインで読み込まれた構造に限ります。その方法は以下の通りです。

  1. アップレットメニューを開く（右クリック、Ctrl＋クリック、または右下の「Jmol」ロゴをクリック）
  2. 一番下の項目（Jmolについて）をクリック
  3. 表示される下位メニューの一番上に、最初に読み込まれた構造の名前が表示されています。何か文字列が書かれていれば構造がインラインで読み込まれたことを、404で始まっていればデータが見つからなかったことを示します。もし文字列がファイル名を示している場合は、次のステップに進むことができます。複数のファイルが読み込まれていた場合、各ファイルの名前が1行に1つずつ表示されます。開きたいファイルあるいは保存したいファイルの名前をクリックして下さい。次の層のメニューオプションが開きます。
  4. 一番下にある項目（ファイル名＋「を表示」）をクリック
  5. ファイルが関連づけられたプログラム（ヘルパーアプリケーション）で開かれるか、あるいは「ファイルを開く/保存する」ダイアログが表示されます。後者の場合は、保存先を指定して下さい。どのような挙動をするかはブラウザの設定に依存します。
警告: 少なくともWindows環境下において、最近のブラウザはこの動作をポップアップウインドウを開く動作として検知し、ポップアップがブロックされることにより「ファイルを開く/保存する」ダイアログが表示されない場合があります。表示メッセージやブラウザの設定に注意し、このページではポップアップを許可するようにして下さい（通常この類のメッセージは、ページの上端に黄色い帯、ツールバー内の警告、ブラウザ画面下端にあるステータス行内のヒントで表示されます）。

全構造を保存できるだけでなく、構造の一部分だけを取り出してMOLフォーマットで保存することもできます。これは以前ほど直感的ではなくなっています。 詳細は「対話的スクリプトについて」に記しています（Jmolホームページも参照して下さい）。

また分子の表示設定（表示様式、配色、表示範囲、配置など）も保存できます。「Jmolスクリプトについて」のsave stateやwrite stateを参照下さい。

Contributors

Cudo29, AngelHerraez

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