Jmol Applet/ja
注意: ページのタイトルはそのままにしてありますが、JmolにJavaアップレットの機能はもう実装されなくなっています
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- スタンドアロンアプリケーションとして実行
- ウェブアップレットとして実行
- Javaウェブスタートを使う
- WikiやブログにJmolを埋め込む
- トラブルシューティング
Contents
Jmol HTML5オブジェクト（JSmol）
これを使って、Jmolをウェブページに埋め込むことができます。アプリケーションのときと同様に、スクリプト言語を使ってモデルにコマンドを適用することができます。いくつかのデモページを http://jmol.sourceforge.net/demo/ で参照することができます。HTMLソースを見るには、ウェブブラウザで ページのソース を開いてください（Firefoxの場合、ツール → ブラウザツール → ページのソース）。
バージョン13.1から、JSmolと呼んでいる非Java版Jmolを使ってJmolをウェブページに埋め込むことができるようになりました。 これによりJavaScriptだけを用いるHTML5オブジェクトが使ってJmolアップレットと同等の機能が実現できます。 詳しくはJmol JavaScriptオブジェクト（英語版）を参照して下さい。
Jmolオブジェクトのインストール
- SourceForgeからのファイル取得
- 一般利用者向け: install Jmolアプリケーションをローカルで、スタンドアロンで使用する方法
- ウェブページ編集者向け: ウェブページにJmolを埋め込むためのinstall Jmolアップレット使用法
- ウェブサイト管理者向け:
- ウェブサーバにJava Web Startを使って配布するアプリケーションをインストールする方法
- Jmolアップレットを使うように Wikiを調整する方法
- 開発者向け: サブバージョンアクセスから最新のJmolソースコードをコンパイルする方法
Jmolによる分子画像をウェブページに組み込みたいだけであれば、テストページ作りから始めるよりも簡単な方法があります。 Jmolウェブページを作るためのツールを参照して下さい。 Jmolを埋め込んだウェブページを作成する方法を知りたいのであれば、右記「Jmolをインストールする」を参照して下さい。
Jmolパッケージ（.zip版、tar.gz版どちらでも構いません）をダウンロードし、解凍・展開して、必要なファイルだけを使って下さい。
どのファイルが必要なのかについては、以下をご覧下さい。
ローカル環境（ハードディスクやCD）のウェブページでJmolオブジェクトを使う場合、あらかじめ注意しておくべき点がいくつかあります。Jmolアップレットをローカルで開発する（英語版）を参照して下さい。
場合によっては別のファイルを使う必要があります。以下に記している署名付きアプレットについてをお読み下さい。
ウェブページを配布する場合、以下に記す著作権、許諾条件、諸情報を記したファイルを含めておく必要があります。
COPYRIGHT.txt- LICENSE.txt
- README.txt
ウェブページにJmolオブジェクトを埋め込む
JavaScriptを使った方法により、簡単にJmolオブジェクトをウェブページに埋め込み、管理することができます。
Jmol JavaScript オブジェクト（Jmol-JSO)
Jmol-JSO（Jmolバージョン13で新たに導入されました）を使うと、きれいで効率的な方法でJavaScriptからJmolアップレットを操作することができます。 更にJavaやアップレットの利用に制約があるiPad、iPhone、Androidモバイル端末などでも利用できるほか、Jmol Javaアップレットが使えない環境であってもRCSB PDBデータベース、アメリカ国立がん研究所のCACTVSサーバ、PubChemなどの公開データベースへ簡単にアクセスできます。
これにはJavaに代わる基本的で高機能なスクリプト機能が備わっています。更に、Jmol-JSOを使うことによりJSpecViewアップレットやJSME分子エディタによる2次元-3次元モデル構築・相互変換と同期する機能も付加することができます。
詳しくは[Jmol JavaScript Object/ja|Jmol JavaScriptオブジェクト]（[Jmol JavaScript Object|英語版]）を参照して下さい。
JSmolオブジェクトをある特定の言語で表示させる
JSmolオブジェクトではユーザインタフェース（ポップアップメニュー）に利用できる言語を複数備えています（技術的にはこのことを現地語化 localization と呼んでいます）。 初期状態では、OSで使用されている言語（参考）がJSmolのインタフェースに適用されます。これを変更する方法は以下の通りです。
- JSmolの言語は、ポップアップメニューの下の方にある「言語」から、いつでも切り替えることができます。
- 表示言語はスクリプト言語を使って変更することもできます。例：
language = "de"（「language」というキーワードと言語を示す2文字コードで指定します。言語コードはca, cs, de, en, es, et, fr, ja, nl, pt, trなどが利用できます）。言語コードは en_GB, en_US, pt_BR, zh_CN, zh_TW のように2文字+2文字で表記される場合もあります。 - Webページが読み込まれJSmolオブジェクトが作成されたときにだけ言語を設定するには、
Info変数のlanguageパラメータを使用します。
異なるJSmolのバージョンを試す
（これは上級者向け機能です）
標準の推奨している方法でコードを書いたページでは、ウェブページ（自身が管理しているページでなくても構いません）に埋め込まれたJSmolオブジェクトを強制的にある特定のバージョンで動作させることができます。 その方法は以下の通りです。
URLの末尾に以下の文字列を追記します。
（検討中 - 検証が必要）
WikiへのJmol埋め込み
JmolアップレットはHTML（またはXHTML）で埋め込むことができます（事例がJmolを使ったウェブサイト（英語版）に列挙されています）。但し、これをwikiページに埋め込むには追加で必要となる技術的なことがいくつかあります。詳しくはJmolの処理について（英語版）をご覧下さい。
Jmolウェブページを作成するためのツール
Jmol.php: Jmolを簡単にウェブページへ
単に<script>タグや<a>タグを記すだけでJSmolオブジェクトををウェブページに埋め込むことができます。
Jmolファイルをコンピュータやウェブサーバにインストールする必要はありません。
分子の立体構造ファイルさえ必要ありません。必要なファイルは自動的に適当なウェブサーバからダウンロードされます。
この方法を使えば、ソースコード全体を管理することなくどんな環境でも使えるJmolページを簡単に作成することができます。フォーラム、ブログ、wiki、コンテンツ管理システム、e-learning環境などは必要ありません。実は、URLを電子メールで送り、受け取った人はメールに記載されたリンクをクリックするだけでJmolオブジェクトをみることができるのです。
プロテオペディアの表示設定編集ツール
プロテオペディアでページを作成するのが、Jmolによる分子画像をカスタマイズしてウェブページに埋め込み、シェアする最も簡単な方法です。
プロテオペディアの分子表示設定編集ツールを使えば、Jmolコマンド、HTML、JavaScriptについて学ぶことから解放されます。
wikiテキストの文法を少し学ぶだけで便利なボタンやヘルプを作成できるのです。
一方、もしJmolコマンドをいくらか知っているのであれば、コマンドを使って好きな画像を作ることもできます（Jmolコンソールを使って）。 どんな表示設定でも、Jmol状態スクリプトを使って設定内容を保存することができます。 原子座標ファイルをアップロードしたり、公開されているPDBファイルを利用したりすることもできます。 プロテオペディアでは蛋白質構造データバンク（PDB）でファイルの更新が行われたりしてもスクリプトが壊れないよう、利用しているPDBファイルを自動的に保存します。 また他人が編集できないページを作ることもできます。
Jmolのウェブへの出力
html/xhtmlやJavaScriptのコードを書きたくない、あるいはいくつかある簡単なページを簡単に統合したいというのであれば、 Jmolのウェブ出力機能についての説明をご覧下さい。 この機能を使うと、全ての必要なファイルを出力して、ボタンをクリックするだけで表示などを変更することができるJmolアップレットページを作ることができます。 ユーザに見せたい表示様式はJmol上で設定できます。 後はウェブエディタの出力機能を使って、好きなテキストやコマンドを .html ファイルに追加して下さい。
出力機能の利用方法については、Jmolアプリケーションのウェブダイアログに出力して参照できます。 詳しい説明や過去のパッケージについてはJmolウェブページメーカーをご覧下さい。
Jmolオブジェクトからファイルを保存する
これは明記されていないことなのですが、実はJSmolで表示されている分子のデータはローカルディスクに保存することができるのです。但し、インラインで読み込まれた構造に限ります。その方法は以下の通りです。
- アップレットメニューを開く（右クリック、Ctrl＋クリック、または右下の「Jmol」ロゴをクリック）
- 一番下の項目（Jmolについて）をクリック
- 表示される下位メニューの一番上に、最初に読み込まれた構造の名前が表示されています。何か文字列が書かれていれば構造がインラインで読み込まれたことを、404で始まっていればデータが見つからなかったことを示します。もし文字列がファイル名を示している場合は、次のステップに進むことができます。複数のファイルが読み込まれていた場合、各ファイルの名前が1行に1つずつ表示されます。開きたいファイルあるいは保存したいファイルの名前をクリックして下さい。次の層のメニューオプションが開きます。
- 一番下にある項目（ファイル名＋「を表示」）をクリック
- ファイルが関連づけられたプログラム（ヘルパーアプリケーション）で開かれるか、あるいは「ファイルを開く/保存する」ダイアログが表示されます。後者の場合は、保存先を指定して下さい。どのような挙動をするかはブラウザの設定に依存します。
- 警告: 少なくともWindows環境下において、最近のブラウザはこの動作をポップアップウインドウを開く動作として検知し、ポップアップがブロックされることにより「ファイルを開く/保存する」ダイアログが表示されない場合があります。表示メッセージやブラウザの設定に注意し、このページではポップアップを許可するようにして下さい（通常この類のメッセージは、ページの上端に黄色い帯、ツールバー内の警告、ブラウザ画面下端にあるステータス行内のヒントで表示されます）。
全構造を保存できるだけでなく、構造の一部分だけを取り出してMOLフォーマットで保存することもできます。これは以前ほど直感的ではなくなっています。 詳細は「対話的スクリプトについて」に記しています（Jmolホームページも参照して下さい）。
また分子の表示設定（表示様式、配色、表示範囲、配置など）も保存できます。「Jmolスクリプトについて」のsave stateやwrite stateを参照下さい。
