Jmol Applet/ja

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Running Jmol

Jmolアップレット

Javaアップレット版のJmolを使うと、ウェブページにJmolを埋め込むことができます（Javaプラグインがインストールされたブラウザで見ることができます）。スタンドアロン版と同様に、スクリプトを使うことができます。例をいくつかデモページ http://www.jmol.org/demo/ に挙げてあるので参照して下さい。ウェブブラウザでHTMLソースを見るには、Firefoxの場合 表示 → ページのソース をクリックして下さい。

Jmolアップレットのインストール

Installing Jmol

Jmolパッケージ（圧縮形式は .zip 、tar.gz どちらでも構いません）をダウンロードし、必要なファイルだけをあなたが選んだフォルダに解凍して下さい。

どれが必要なファイルなのでしょう？ 基本的な使い方をするのに必要なファイルは以下の通りです。

  • File icon.gifJmol.js、このファイルにはウェブページを通してJmolとやりとりを行う助けになるコマンドを生成する一連のスクリプトが含まれています。機能の概要についてはオンラインドキュメントを見るか、あるいは Jmol.js ファイルのソースを見てより最新の情報を得ることができます。
  • ファイル名が File icon.gifJmolApplet0 で始まり、File icon.gif.jar で終わる全てのファイル。

ウェブページを配布するのであれば、著作権等に関するファイル（File icon.gifCOPYRIGHT.txt、File icon.gifLICENSE.txt、File icon.gifREADME.txt）も含めておくのがいいでしょう。

ローカルのウェブページでJmolアップレットを使う（例：ハードディスクやCDで利用する）にはいくつか注意事項があります。それについてはJmol Applet Deployment Localを参照して下さい。

その他特別必要なものについては、別のファイルを使う必要があります。署名済みアップレットについては以下の節を読んで下さい。

アップレットがロードされない場合はJava問題の解決も参照して下さい。

Jmolアップレットにより多くのメモリを割り当てる

Jmolが利用できるメモリ量はJavaによって決められています。現在のメモリ割り当てはアップレットのポップアップメニューの一番下にある「About Jmol」をポイントすることで確認できます。

以下のパラメータを使って割り当てメモリ量を変更できます: 

-Xmx###M

### には割り当てメモリ量をMB単位で指定します（そのため最後には "M" の文字をつけます）。但し割り当て可能なメモリ量はウェブクライアントマシンに装着されたRAMの量によって制限されます。例えば、512MBのRAMを搭載したシステムでは最大256MBまでしかJavaに割り当てることができません。

例:

  • -Xmx512M 最大512MBまでメモリの使用を許可
  • -Xmx1024M 最大1024MBまでメモリの使用を許可

このパラメータの設定場所は以下の通りです:

Windowsの場合:
コントロールパネル > Javaアイコン（Javaコントロールパネルを開く）>「Java」タブ > 「アプレット ランタイム設定」>「ボタンの表示」>「JRE」行（最新バージョンでは複数行あります）の「パラメータ」テキストボックスをクリックし、「-Xmx###M」と入力
Macintoshの場合:
/Applications/Utilities/Java/J2SE 5.0/Java Preferences を開き、「基本」タブの画面中央「Javaアプレット実行時のパラメータ」欄に「-Xmx###M」と入力する。
または Javaコントロールパネル を見て下さい。

これはローカルの設定なので、設定したコンピュータでしか有効になりません。あなたのウェブページを訪問した人が同じJavaメモリ設定を行っているとは限らないので、この設定変更の利用には注意して下さい。

技術的詳細事項:

  • -Xmx はJavaVMに利用を許可する最大メモリ量（maximum memory heap size）を設定します。
  • -Xms はJavaVMに利用を許可する最小メモリ量（minimum memory heap size）を設定します。

アプリケーションの実行もご覧下さい。

Jmolアップレットを強制的にある特定の言語で開く

Jmolアップレットのユーザインタフェース（ポップアップメニュー）ではいくつかの言語が利用できます（技術的には局地化 localization と言います）。 Jmolアップレットは、デフォルトではあなたが使っているOSのユーザインタフェースで使われている言語で開かれます（ref.）。しかしもしそれを変更するのであれば、以下の方法を用いて下さい。

  1. Jmol 11.1.30 より、アップレットの言語はポップアップメニューの「Language」からいつでも変更できるようになりました。
  2. 以下のスクリプト言語で言語を指定することもできます。 language = "de" （"language" キーワードに２文字の言語コードを指定します。現在利用できる言語コードはca, cs, de, en, es, et, fr, nl, pt, trです。）
  3. これは11.1.30より古いバージョンでのみ必要となる古い方法です。 表示言語をある特定の言語にしたいなら以下の操作等を行います。

Windowsの場合: Windowsのコントロールパネル > Javaアイコン（Javaコントロールパネルが開く） > 「Java」タブ > アプレットランタイム設定 > ボタン表示 > 「JRE」グループにある「パラメータ」の下にあるテキストボックスをクリックし、以下の内容を入力します。 

   java -Duser.language=es    # forces Spanish (Español)
   java -Duser.language=de    # forces German (Deutsch)
   java -Duser.language=en    # forces English
   etc.

Macintoshの場合: 「/Applications/Utilities/Java/J2SE 5.0/Java Preferences」にあるJavaコントロールパネルを開き、上記Windowsの場合と同様のパラメータを入力して下さい。

アプリケーションの実行方法もご覧下さい。

WikiでのJmol

アップレットは HTML（またはXHTML）ページに埋め込むことができます（例を Websites Using Jmol に挙げてある他、Jmol Processor にもいくつかの追加技術が必要な事例が挙げてあります。）

未署名と署名済み、データアクセス

署名されたアップレットの場合、任意のhttpまたはftpのURLから分子モデルを読み込むことができます。但し、ユーザは署名されたアップレットを信頼するよう尋ねられます。これは問題となる可能性があります。なぜなら製造元（jmol.org）は「検証できず」、セキュリティ証明書は「信頼されていない」（jmol.org）グループのものであると表示されてしまうからです。これはバージョンアップの度に信頼された（商業的な）認証局でアップレットを署名してもらうのは費用がかかり、面倒だからです。

署名されていないアップレットは閲覧するユーザに対してそれを信用するかどうかを問い合わせることなく分子を表示します。しかし、セキュリティ上の理由からアップレット自身をダウンロードしたのと同じhttpドメイン（サーバ）からしか分子モデルを読み込むことはできません。FirstGlance in Jmol はデフォルトでは署名されていないアップレットを使います。そのため、簡単に両方が動くのを見ることができます。任意のサーバからデータファイルにアクセスする方法について詳しくはPDBデータファイルのアクセス方法に記されています。

もしあなたがいずれのサーバ上でもアップレットを動かしていない、つまりウェブページをローカルディスク上に置いて利用しているのであれば、更にセキュリティ上の制約がJavaによって課せられます。分子モデルはアップレットがあるのと同じかその配下のフォルダ（ディレクトリ）にあるものしか利用できません。この件に関して、Jmolアップレットをローカルに置くも参照して下さい。

Jmolウェブページに署名するツール

もしhtml/xhtmlやJavascriptのコードを書きたくないか、あるいは単にJmolを組み込んだ ウェブページを素早く作りたいなら、Jmolアプリケーションの「export to web function」を見て下さい。 これによって、多くの動作を伴うJmolページや、ボタンをクリックすることにより表示を変更できるJmolページを作るのに必要なファイル全てをエクスポートすることができます。 ウェブページ閲覧者に見せたい分子の視点をJmolに設定して下さい。 そして、任意のウェブエディタでエクスポート機能を使って .html ファイルに希望のテキスト、コマンドを追加して下さい。オープンソースのアプリケーションで推奨するものは以下の通りです。

  • SeaMonkey ... もっとも簡単なアプリケーションですが充分使えるものです。
  • Kompozer ... SeaMonkeyより高機能で、よりよく機能します。
  • Amaya ... これはこの中ではもっとも高機能ですが、使い方は難しいです。

エクスポート機能の使い方に関する説明がJmolアプリケーションの「export to web dialog」にあります。より詳しい説明や過去のパッケージは Jmolウェブページメーカーに掲載されています--Gutow 21:48, 25 July 2008 (CEST)

アップレットからファイルを保存する

これは明記されていませんが、アップレットで表示している分子データをローカルディスクに保存することができます。その方法は以下の通りです。

  1. アップレットのメニューを開く（右クリック、Ctrl＋クリック、または右下にある「Jmol」ロゴをクリックする）。
  2. 一番上のメニュー（分子名）をクリックする。
  3. 現れたサブメニューの一番下にあるファイル名をクリックする。
  4. ブラウザの設定によりますが、指定されているアプリケーション（ヘルパーアプリケーション）でファイルが開かれるか、あるいは「ファイルを開くまたは保存する」ダイアログが表示され、「保存」を選んでローカルディスク上の保存場所を指定します。
警告: 少なくともWindows環境において、最近のブラウザはこの操作をウインドウをポップアップする動作として検知してしまうかもしれません。その場合、ポップアップブロッカーが「ファイルを開くまたは保存する」ダイアログが出るのを邪魔してしまうでしょう。ブラウザが出すメッセージとオプション設定に注意して、ページのポップアップを許可するようにして下さい（そのようなメッセージは、ページ上部に現れる黄色いバー、ツールバー中の警告、ブラウザウインドウ最下部のステータスバーのヒントに見られるでしょう）。
Chimeユーザへの注意: MDL Chimeをインストールしている場合、分子はChimeを使ってブラウザウインドウ内で開かれるでしょう。この場合、Chimeのメニュー（File > Save molecule） でファイルをローカルディスクに保存することができます。

現在、よりユーザにとって使いやすい方法、あるいはJmolアップレットからファイルを保存する方法が開発者によって検討されています。

Jmolバージョン11では、分子の一部分を抽出してMOL形式で保存することができます。これは前述の方法ほど直接的な方法ではありませんが、「対話的なスクリプトに関する文書」にそのことが記載されています（ Jmol ホームページも参照して下さい。）

分子状態（３次元画像の表示方式、配色、透過性、向きなど）を保存する機能は現在開発中ですが、一部についてはJmol 11.0で実装されています。これについてはJmolスクリプトに関する文書のsave state と write stateを参照して下さい。これによってChimeやRasmolと機能的に近いことができますが、Javaのセキュリティ制限のためファイルへの保存はJmolアップレットの場合には利用できません。

Contributors

Cudo29, AngelHerraez

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