Manuel Souris

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Manuel pour manipuler les molécules en utilisant la souris dans Jmol (appelé aussi 'mouvements de la souris')

Notes:

1. Dans la configuration habituelle, le "bouton principal" est le bouton gauche, et le "bouton secondaire" est le bouton droit.
2. Selon des compte-rendu, sur les souris à un seul bouton, Alt + traîner peut être équivalent à traîner avec le bouton du milieu.

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	bouton principal	bouton du milieu	bouton secondaire
	(gauche)	(milieu)	(droite)
Ouvrir le menu Jmol	Ctrl + clic ou clic sur le logo 'Jmol'		clic
Rotation autour de X,Y	traîner
Se déplacer selon X,Y (= translation)	Shift + double-clic et traîner	double-clic et traîner	Ctrl + traîner
	marche aussi bien en cliquant sur la molécule qu'en dehors
Réinitialisaer et centrer	Shift + double-clic*	double-clic*
	*marche seulement si le double-clic est fait en dehors de la molécule
Rotation autour de Z	Shift + traîner horizontalement	traîner horizontalement	Shift + traîner horizontalement (ne marche peut-être pas sur Mac)
Zoom avant / arrière	Shift + traîner verticalement	traîner verticalement
	ou utiliser la molette de la souris
	Implementé seulement à partir de Jmol 10.00.22: Ne fonctionne qu'après qu'une commande slab on ait été effectuée
Slab (slab depuis l'avant)	Ctrl+Shift + traîner (verticalement) *
Depth (slab depuis l'arrière)	Ctrl+Shift + double-clic et traîner (verticalement) *
Déplacer la tranche (modifier slab et depth en conservant une épaisseur constante)	Alt+Ctrl+Shift + traîner (verticalement) *
	*si çà ne marche pas sur Mac, essayer d'appuyer sur le bouton de la souris en premier, puis les touches Ctrl+Shift, et enfin traîner
	Slab peut être testé sur cette page

Comment sélectionner

• Utiliser la commande appropriée pour choisir, par exemple

set picking group

pour changer la sélection pour un acide aminé en entier en cliquant sur un de ses atomes,

• Cliquer sur un atome inverse son état de sélection.
• Surtout utilise quand

set display selected

est positionné pour surveiller l'état de la sélection.

Comment effectuer des mesures

• Distance (2 atomes):
  1. double-clic sur l'atome de départ
  2. pour fixer une mesure de distance, double-clic sur le second atome
• Angle (3 atomes):
  1. double-clic sur l'atome de départ
  2. clic sur le second atome (atome central de l'angle)
  3. pour fixer une mesure d'angle, double-clic sur le troisième atome
• Angle de torsion ou dihèdre (4 atomes)
  1. double-clic sur l'atome de départ
  2. clic sur le second atome
  3. clic sur le troisième atome
  4. pour fixer une mesure d'angle dihédral, double-clic sur le quatrième atome
• Dans tous les cas:
  • déplacer le pointeur sur l'atome de destination pour voir les résultats de la mesure sans laisser de mesure permanente
  • se déplacer en dehors de la fenêtre pour annuler la mesure
  • faire la même mesure pour l'effacer

Contributors

Pimpim, NicolasVervelle, AngelHerraez